Το ποσοστό αυτόματων αποβολών σε κυήσεις μετά από εξωσωματική γονιμοποίηση είναι παρόμοιο ή ελάχιστα μεγαλύτερο από αυτό που αφορά τις εγκυμοσύνες με φυσική σύλληψη. Η πιθανότητα απώλειας του εμβρύου μετά από μια θετική δοκιμασία κυήσεως εκτιμάται περίπου στο 15-17% των αρχικών «βιοχημικών» κυήσεων, που προέρχονται από εξωσωματική γονιμοποίηση έναντι του ποσοστού 12-15% από φυσική σύλληψη στο πρώτο τρίμηνο κυήσεως. Στην πλειονότητα των περιπτώσεων δεν ανευρίσκεται συγκεκριμένη αιτία αν και στο 65-70% θεωρείται αποτέλεσμα χρωμοσωματικών ανωμαλιών.
Η αυξημένη ηλικία της γυναίκας (ηλικία άνω των 40 ετών) είναι ένας σημαντικός παράγοντας, ανάμεσα σε άλλους, που συνδέεται με την ατυχή έκβαση. Συμβαίνουν στο πρώτο ή στο δεύτερο τρίμηνο και οπωσδήποτε πριν την 24η εβδομάδα κυήσεως και μπορεί να προέρχονται από τη μητέρα, το κύημα και εξαιρετικώς σπάνια από τον πατέρα. Στην ευθύνη της μητέρας εντάσσονται μεταξύ άλλων η ηλικία, οι λοιμώξεις, οι συστηματικές νόσοι, οι ενδοκρινικές παθήσεις και οι ανοσολογικοί παράγοντες, αλλά και ο τρόπος ζωής (κάπνισμα, κατανάλωση οινοπνεύματος, ναρκωτικά, φάρμακα). Επίσης οι παθήσεις της μήτρας (συγγενείς ανωμαλίες, περίπου 15% ενδομητρικές συμφύσεις, υποβλεννογόνια ινομυώματα) και η ανεπάρκεια του έσω τραχηλικού στομίου, συνήθως συνέπεια παλαιότερων αποξέσεων της μήτρας, που αποτελεί την κυριότερη αιτία αποβολών στο δεύτερο τρίμηνο της κύησεως.
Συχνά τα αίτια σχετίζονται με οργανικές βλάβες ή χρωμοσωματικές ανωμαλίες του εμβρύου που δεν είναι δυνατόν να προβλεφθούν κατά τη διαδικασία της εξωσωματικής γονιμοποίησης. Η ποιότητα των εμβρύων που μεταφέρονται στη μήτρα προσδιορίζεται με μορφολογικά κριτήρια με εξαίρεση τις περιπτώσεις που εφαρμόζεται προεμφυτευτική γενετική διάγνωση.
Το ενδεχόμενο μια κλινική κύηση να μην ευοδωθεί έως τη γέννηση είναι μικρό και αντίστοιχο με αυτό της φυσικής σύλληψης. Οι πιο συνηθισμένοι λόγοι απώλειας της κυήσεως είναι:
- η αυτόματη εκβολή,
- η παλίνδρομος κύηση,
- η εξωμήτριος κύηση,
- ο πρώιμος και ο πρόωρος τοκετός, με γέννηση ζώντος ή νεκρού νεογνού.
Με καλή παρακολούθηση της κύησεως και έπειτα από τις αλματώδεις προόδους των μονάδων εντατικής νοσηλείας νεογνών, το ποσοστό αυτό είναι σήμερα πια ελάχιστο. Σύμφωνα με μελέτες της διεθνούς βιβλιογραφίας, από το στάδιο της εξελισσόμενης κυήσεως (>12w) έως τη γέννηση, η πιθανότητα απώλειας του εμβρύου υπολογίζεται στο 1% περίπου.