Στην εξωσωματική γονιμοποίηση υπάρχει ένας απειροελάχιστος κίνδυνος τραυματισμού εσωτερικών οργάνων ή μεγάλων αγγείων κατά την ωοληψία. Ωστόσο, σε έμπειρα χέρια, εφ’ όσον μάλιστα λαμβάνονται όλες οι προφυλάξεις, ο κίνδυνος αυτός είναι πρακτικά αμελητέος.

Μικρή αιμόρροια είναι επίσης δυνατόν να προκληθεί κατά τη διέλευση της βελόνης ωοληψίας από το τοίχωμα του θόλου του κόλπου. Αυτή η αιμόρροια είναι μικρή, ακίνδυνη και σταματά λίγο μετά το πέρας της ωοληψίας, χωρίς άλλες συνέπειες.