Προτείνεται εναλλακτικά σε περιπτώσεις ασθενών με ιδιαίτερα πτωχή απάντηση των ωοθηκών στη φαρμακευτική διέγερση, όπως και σε περιπτώσεις ασθενών με πολλαπλές αποτυχημένες προσπάθειες και κακής ποιότητας έμβρυα. Παρακολουθείται η πρόοδος της ανάπτυξης του ωοθυλακίου (και του ενδομητρίου) με σειρά κολπικών υπερηχογραφημάτων και ορμονικών προσδιορισμών. Το μειονέκτημα του φυσικού κύκλου είναι ότι ελπίζουμε στο ένα ωοθυλάκιο, από το οποίο πρέπει να παραλάβουμε ένα ωάριο που θα πρέπει να είναι ώριμο, θα γονιμοποιηθεί, θα διαιρεθεί και θα δημιουργήσει ένα μόνον έμβρυο, ικανοποιητικής ποιότητας για εμβρυομεταφορά. Βεβαίως και στον φυσικό κύκλο υπάρχει η πιθανότητα πρόωρης αιχμής της LH και ωοθυλακιορρηξίας με αποτέλεσμα την αποτυχία λήψης του ωαρίου.