Κατά τη διαδικασία της μικρογονιμοποίησης, ένα ελάχιστο ποσοστό των ωαρίων υφίστανται βλάβες, παρά τις προφυλάξεις που λαμβάνουμε. Ωστόσο, τα ωάρια τα οποία έχουν «ανεχθεί» τη διαδικασία και διατηρούν κανονική όψη μερικά λεπτά μετά την ένεση, αναπτύσσονται φυσιολογικά. Αυτά που δεν αναπτύσσονται φυσιολογικά απομονώνονται και δεν μεταφέρονται.
Πρόσφατες επιδημιολογικές έρευνες σε μεγάλες σειρές περιστατικών έδειξαν ότι το ποσοστό εμφάνισης συγγενών ανωμαλιών σε νεογνά που συνελήφθησαν μετά από μικρογονιμοποίηση (ICSI) δεν είναι ιδιαίτερα αυξημένο και προσδιορίζεται στο 2,7% περίπου. Το ποσοστό αυτό βρέθηκε ότι είναι σχεδόν το ίδιο όταν η εγκυμοσύνη προέρχεται από κλασσική εξωσωματική γονιμοποίηση, ή από φυσιολογική σύλληψη.
Δεδομένου ότι η ανδρική υπογονιμότητα μπορεί να έχει γενετικό υπόβαθρο, υπάρχει πιθανότητα οι πατέρες να μεταφέρουν την υπογονιμότητα στα άρρενα τέκνα τους. Αυτό σημαίνει ότι τα παιδιά αυτά είναι πιθανόν να χρειασθούν τη βοήθεια των μεθόδων υποβοηθούμενης γονιμοποίησης (ICSI) όταν αποφασίσουν να γίνουν πατέρες. Αυτή η περίπτωση αφορά μία σπανιότατη περίπτωση αζωοσπερμίας που οφείλεται σε μικροελλείψεις του ανδρικού φυλετικού χρωμοσώματος Υ, οπότε είναι πιθανόν η βλάβη να μεταφερθεί στα άρρενα τέκνα των ανδρών αυτών: όταν φθάσουν σε αναπαραγωγική ηλικία, τα αγόρια αυτά θα εμφανίσουν πιθανώς την ίδια αζωοσπερμία με τον πατέρα τους. Ωστόσο, σε μελέτες που έχουν ήδη γίνει, η άποψη των ανδρών αυτών είναι συντριπτικά υπέρ της εφαρμογής της μικρογονιμοποίησης, και όχι υπέρ της δωρεάς σπέρματος. Για τον λόγο αυτό συνιστάται ειδικός έλεγχος και γενετική συμβουλευτική στους άνδρες με σοβαρή ολιγοασθενοτερατοσπερμία ή αζωοσπερμία (αποφρακτική αζωοσπερμία με συγγενή απουσία του σπερματικού πόρου και πιθανή συνύπαρξη του μεταλλαγμένου γονιδίου της ινοκυστικής νόσου). Σε ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο, η έρευνα σχετικά με την ασφάλεια της ICSI συνεχίζεται.
