Μετά τη σπερμοληψία, ανάλογα με τον αριθμό και την κινητικότητα των σπερματοζωαρίων, εφαρμόζεται η επεξεργασία για την ενεργοποίησή τους. Εάν το σπέρμα περιέχει έστω και λίγες δεκάδες κινητών σπερματοζωαρίων, η μικρογονιμοποίηση είναι δυνατόν να εφαρμοσθεί κανονικά. Στην αντίθετη περίπτωση, ή σε περιπτώσεις αποφρακτικής αζωοσπερμίας, η λήψη των σπερματοζωαρίων πρέπει να γίνει χειρουργικά, είτε από την επιδιδυμίδα είτε από τον όρχι (MESA, FNA,TESE).
Η μικρογονιμοποίηση πραγματοποιείται σε δύο χρόνους, μετά την ωοληψία. Πρώτον, τα ωάρια χρειάζεται να υποβληθούν σε μια ειδική κατεργασία με ένα ένζυμο (υαλουρονιδάση), ώστε να αφαιρεθούν τα κοκκιώδη κύτταρα που περιβάλλουν τη διαφανή ζώνη. Αυτό είναι απαραίτητο διότι οι κοκκιώδεις στοιβάδες δεν θα διαβρωθούν από σπερματοζωάρια, όπως συμβαίνει στην «απλή» εξωσωματική γονιμοποίηση, με συνέπεια να εμποδίζουν τον χειρισμό των ωαρίων. Η κατεργασία αυτή διαρκεί 1-2 λεπτά. Όταν τα ωάρια καθαρισθούν πλήρως, είναι δυνατόν να εκτιμηθεί με ακρίβεια και η ωριμότητα του πυρήνα τους. Αυτό γίνεται παρατηρώντας το πρώτο πολικό σωμάτιο, η παρουσία του οποίου υποδηλώνει ότι το ωάριο είναι ώριμο. Τα ωάρια με πολικό σωμάτιο είναι τα μόνα στα οποία εφαρμόζεται η ένεση σπερματοζωαρίου. Τα υπόλοιπα ωάρια είναι ανώριμα και δεν είναι δυνατόν να χρησιμοποιηθούν.
Η δεύτερη φάση είναι η κυρίως φάση των ενέσεων. Τα καθαρισμένα ωάρια τοποθετούνται σε ειδικά τρυβλία, σε μια μικρή σταγόνα καλλιεργητικού μέσου το καθένα. Στο ειδικά εξοπλισμένο μικροσκόπιο, με τη βοήθεια ενός μικροχειριστηρίου, ακινητοποιούνται με τη βοήθεια μιας λεπτής γυάλινης πιπέτας (μικροσιφώνιο). Μια άλλη πιο λεπτή γυάλινη πιπέτα (που μοιάζει με βελόνα ένεσης) χρησιμεύει για τη συλλογή και την ένεση ενός σπερματοζωαρίου στο κάθε ωάριο. Η κάθε ένεση διαρκεί λίγα δευτερόλεπτα. Ωστόσο, η όλη διαδικασία μπορεί να διαρκέσει πολλές ώρες, ειδικά εάν τα σπερματοζωάρια είναι ελάχιστα και η ανεύρεσή τους δυσχερής.
Τι γίνεται μετά
Μετά την ένεση, τα ωάρια τοποθετούνται και πάλι στον επωαστικό κλίβανο, υπό τυπικές συνθήκες καλλιέργειας. Με τη μέθοδο αυτή είναι αδύνατον να υπάρξει πολυσπερμία, διότι η γονιμοποίηση ελέγχεται πλήρως και γίνεται εξ ορισμού με ένα μόνον σπερματοζωάριο. Το ποσοστό γονιμοποίησης είναι συνήθως υψηλό (μεγαλύτερο του 60%). Η πλήρης αποτυχία γονιμοποίησης είναι σπάνια και οφείλεται είτε στην αδυναμία των σπερματοζωαρίων να αποσυμπυκνώσουν τα χρωμοσώματά τους, είτε στην αδυναμία των ωαρίων να γονιμοποιηθούν (όπως λ.χ. ωάρια που προέρχονται από γυναίκες μεγάλης ηλικίας). Η πιθανότητα καταστροφής των ωαρίων κατά την ίδια την ένεση είναι αμελητέα (λιγότερο από 2-3% σε έμπειρα χέρια). Τα ωάρια που έχουν «ανεχθεί» την ένεση διατηρούν φυσιολογική όψη (αυτό ελέγχεται λίγα λεπτά μετά την ολοκλήρωση των ενέσεων και όποιο ωάριο έχει ενδεχομένως καταστραφεί, απομονώνεται). Η μετέπειτα πορεία τους είναι ακριβώς η ίδια με την πορεία της εξωσωματικής γονιμοποίησης (προπυρήνες-στάδιο του ζυγώτη, αυλάκωση σε 2, 4, 8, κ.λπ. βλαστομερίδια, επιλογή και εμβρυομεταφορά).