Σε κάθε περίπτωση δεν θα πρέπει να ξεχνάμε οτι στην εξωσωματική, όπως και σε κάθε ιατρική πράξη υπάρχει η πιθανότητα επιπλοκών και ανεπιθύμητων καταστάσεων. Μεγάλης σημασίας είναι η σωστή ενημέρωση για τους πραγματικούς κινδύνους και τις πιθανότητες εμφάνισης, καθώς υπάρχει αρκετή παραπληροφόρηση και ελλειπής γνώση σε θέματα επιπλοκών της IVF. Όλες  οι επιπλοκές μπορουν να αντιμετωπιστούν ύστερα απο σωστή καθοδήγηση από γιατρούς με εμπειρία και γνώση πάνω σε αυτές. Η επιστημονική ομάδα της Ευγονίας διαθέτει πολυετή βαθιά γνώση στην αντιμετώπιση επιπλοκών όπως το Σύνδρομο Υπερδιέγερσης Ωοθηκών (ΣΥΩ).

Μερικές επιπλοκές που μπορεί να συναντηθούν σε πρόγραμμα εξωσωματικής γονιμοποίησης είναι:

• Σύνδρομο Υπερδιέγερσης των Ωοθηκών
• Έκτοπος (εξωμήτριος) κύηση
• Πολύδυμη κύηση
• Τραυματισμοί ή αιμορραγία
• Μακροχρόνιες επιπτώσεις