Η μεταφορά κρυοσυντηρημένων εμβρύων στη μήτρα προγραμματίζεται ώστε το «περιβάλλον» που θα υποδεχθεί το έμβρυο να είναι κατάλληλο. Ο σχεδιασμός αφορά την επιλογή της ιδανικής χρονικής περιόδου εμφύτευσης. Η προετοιμασία του ενδομητρίου γίνεται είτε στην πορεία ενός φυσικού κύκλου παρακολουθώντας την ωοθυλακιορρηξία, είτε σε έναν φαρμακευτικά ελεγχόμενο κύκλο. Συνήθως τα έμβρυα αποψύχονται λίγες ώρες πριν την εμβρυομεταφορά.

Εκτιμάται αφ’ ενός ο αριθμός των εμβρύων που επέζησαν μετά την απόψυξη και αφ’ ετέρου ο αριθμός των κυττάρων που επιβίωσαν. Προσδιορίζεται η ποιότητα των εμβρύων και αποφασίζεται ο αριθμός εμβρύων που θα μεταφερθούν. Εάν κριθεί ότι ο αριθμός των εμβρύων είναι μικρός και η ποιότητά τους πτωχή αποψύχεται και επόμενη παγιέττα, αν υπάρχει, με τη σύμφωνη πάντα γνώμη του ζευγαριού, το οποίο ενημερώνεται καταλλήλως.